なにげに周到に予防線が張ってあるので、文字通りに読めばあまりツッコミどころはないのだけど、一応。
ココロ社さんの主張は要するに、命題の真偽(結論)が我々の行動を変えないならその命題は考えるに値しない、ということです。それ自体は妥当でしょう。*1。ただ、現実の問題は「結論」だけが人の行動に影響を与えるわけではないのです。ココロ社さんが挙げた『水からの伝言』の例はその意味で問題の本質を捉え損ねています。
『水からの伝言』の問題は、元々は学校教育の現場に持ち込まれたのが発端です。しかも子どもの親が困ってブログで訴えたのが問題化の発端だったと記憶しています。これがなぜ問題かと言えば、子どもに対して科学の考え方について間違った理解を促すからです。道徳的にもなぜ人に優しくするべきなのかを考えさせるという意味では完全に的外れな話です*2。このように、教育が求める結果は「結論を導く考え方を身に着けるさせること」ですから、そういう意味では「結論」が違うと結果は変わってくるのです。
問題は教育に限りません。OK な結論を導いた考え方というのは他の局面でも再利用されます。なので疑似科学のような考え方を受け入れると別の局面では問題が出てきます。この場合も「結論」が違うと再利用される・されないという違いが出てきて、さらには再利用の際の結果も異なってくるのです。
ちなみに水伝の場合、著者自身は実は「人に優しくしよう」なんてなまぬるい考え方じゃないです。水神様みたいな超越的存在を訴えていて、その理論武装として水の結晶の話をしているのだと思います(参照:「水伝」の宗教性)。
