[id:rna:20050807#p2] で UpFtpEx のバグと言っていたのはバグじゃなくて原作の UpFtp 仕様で、転送先ディレクトリを絶対パスで指定しなくてはならないという制限があったことが判明。ドキュメントに明記し、スクリプトも絶対パスを指定しないとエラーになるように修正して、バージョン 1.0.2 としました。
今問題なく使えてる人はバージョンアップする必要はありません。問題がある人は単に remoterootdir の設定を絶対パス指定になおしましょう。
相対パスでも動くじゃんとか思ってたら、相対パスだと転送が必要な複数のファイルが異なるディレクトリにある場合に、片方を転送する時に cwd しっぱなしなので、次に別のディレクトリのファイルを転送する時に相対パスで cwd すると cwd に失敗して、前のファイルを転送したディレクトリに転送してしまいます。毎回カレントディレクトリを戻せばいいんだけどめんどくさいので絶対パス必須ということにしました。本当は cwd でエラー検出しないといけないけどそれはまた今度。