日本語(SJIS) ID3タグが化ける問題は JuK の Tagger 機能を使うとほぼ解決できることが分かった。
JuK には Tagger > Guess Tag Information > From Filename でファイル名から ID3 タグの内容を推測して設定する機能がある。RealOne が作成したファイルにはファイル名にも曲名などの情報が残るのでこれが利用できる。デフォルトでは適切なファイル名の書式がないので、Settings > Tag Guesser でパターンを設定してやる。先頭に、%a/%A/%T - %t というのを追加してやるとよい。あとはID3タグを修正したい曲をまとめて選択して Ctrl-F すると一撃で変換される。他のソフトで作成されたファイルでも大抵はこの機能でどうにかなるだろう*1。
ちなみに日本語ファイル名がちゃんと見えるようになってないとダメなので、Windowsのパーティションからファイルを持ってくる時は注意。適切なマウントオプションを指定する必要がある。Fedora の場合*2ローカルハードディスクの vfat パーティションをマウントする場合は codpage=cp932,utf8 を、smbmount でリモートの Windows マシンの共有フォルダをマウントする場合は codepage=cp932,iocharset=utf-8 を指定すればよい(はず。vfat の方だけ試した)。